MediosOn, la Asociación Española de Medios de Comunicación Online, tiene dos órganos de gobierno: la Asamblea General de Asociados, en la que están representadas todas las compañías asociadas, y la Junta Directiva, el órgano permanente que dirige la asociación.

La actual Junta Directiva de MediosOn fue elegida en la Asamblea General de Asociados celebrada en Madrid a finales del mes de enero de 2011. Está integrada por 10 representantes: 1 presidente, 1 vicepresidente y 7 vocales, todos ellos con derecho a voto. Se completa la Junta con la figura del Director General que tiene voz, pero no voto en ninguno de los órganos de gobierno de la asociación.

Composición de la Junta Directiva de MediosOn (2011-2013)

La presidencia la ocupa Juan Luis Moreno, del Grupo Vocento y la vicepresidencia, Francisco Sierra, del Grupo Antena 3.
Los siete puestos de vocales están representados por José Luis Rodríguez, del Grupo Godó; Juan Vallejo, de Unidad Editorial, Hortensia Fuentes, de Prisa Digital, Ángel Angulo, de Editorial Prensa Ibérica; Rubén Pamplona, de Zeta Digital; Sandra Prósperi, de Hearst Magazines, y  Alfredo Peña, de La Sexta. Juanjo Amorín ocupa la dirección general de la asociación.

La nueva Junta Directiva ha impulsado la creación de grupos de trabajo integrados por especialistas de los diferentes grupos que forman la asociación, que se esfuerzan por adelantar las principales tendencias de cada área y compartir conocimiento con los asociados. Estos grupos de trabajo son: el Comité de Nuevos ingresos, el Comité Jurídico, el Comité Audiovisual, el Comité de Innovación y el Comité de Audiencias.